La ubicación de todos los legendarios en Rubí, Zafiro y Esmeralda es la siguiente:

-Articuno: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o XD.
-Zapdos: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o XD.
-Moltres: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o XD.
-Mewtwo: Intercambio con Rojo Fuego o Verde Hoja.
-Mew: Esmeralda (con ticket).
-Entei: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o Colosseum.
-Raikou: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o Colosseum.
-Suicune: Intercambio con Rojo Fuego, Verde Hoja o Colosseum.
-Ho-Oh: Esmeralda (con ticket); intercambio con Colosseum
-Lugia: Esmeralda (con ticket); intercambio con XD.
-Celebi: (no disponible en ningún juego de Pokémon para GBA).
-Registeel: Rubí, Zafiro, Esmeralda.
-Regice: Rubí, Zafiro, Esmeralda.
-Regirock: Rubí, Zafiro, Esmeralda.
-Latios: Rubí, Esmeralda
-Latias: Zafiro, Esmeralda.
-Groudon: Rubí, Esmeralda.
-Kyogre: Zafiro, Esmeralda.
-Rayquaza: Rubí, Zafiro, Esmeralda.
-Jirachi: Intercambio con Channel.
-Deoxys: Rubí, Zafiro (forma normal); Verde Hoja (forma defensiva); Rojo Fuego (forma de ataque); Esmeralda (forma velocidad).